지방세법은 "기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여는 취득세, 등록세 및 재산세를 면제한다"고 규정하고 있고, 지방세법 시행령은 "토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받을 것"을 그 요건으로 하고 있습니다.
그리고 기술개발촉진법 시행령은 ‘기업부설연구소란 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다.’라고 규정하고 있었습니다.
G회사는 위와 같이 4년 이내에 기술개발촉진법에 따라서 기업부설연구소라는 사실을 인정 받기 위한 신고 절차를 거쳤고, 신고한 면적 중 일부가 기업부설연구소임을 실질적으로 인정 받았음에도 기술개발촉진법 시행규칙에 따른 인정서를 받지 못하였다는 이유로 화성시장으로 부터 모든 세금을 부과 받았습니다.
제1심 재판부는 위 인정서가 세금감면의 요건이라고 판단하여 G회사의 청구를 기각하였습니다.
그리고, 저는 항소심부터 담당하여 진행하게 되었고, 법률과 시행령에는 인정서 교부를 요건으로 하지 않고 있다는 점, 기업부설연구소로서 실체를 갖추었는지 여부가 세금감면의 요건이라는 점, 위 인정서는 신고를 할 경우 당연히 발급하여야 하는 기속행위이자 확인행위에 해당한다는 점 등을 주장하였고, 이러한 사정들이 받아들여져 승소하였습니다.
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